在西藏上層反動集團一些人的策動下，從1957年起，叛亂活動呈日趨擴大之勢。叛亂分子成立反動組織，以“保衛宗教”為幌子，提出“西藏獨立”等反動口號。當年7月4日，第十四世達賴在布達拉宮接受叛亂武裝組織“四水六崗”所獻的金寶座，并為其成員摸頂祈福，暴露了支持叛亂的立場。叛亂分子武裝襲擊解放軍兵站，襲掠道班，伏擊車輛，炸毀橋梁，截斷公路，甚至圍攻黨政軍機關駐地，燒殺搶掠、殘害群眾，造成大量干部、戰士和無辜群眾的傷亡。至1958年底，全區武裝叛亂分子已發展到2��3萬人。

1959年3月10日，西藏上層反動集團借達賴喇嘛到軍區看戲一事造謠惑眾，公然撕毀協議，背叛祖國，發動全面武裝叛亂。叛亂分子召開所謂“人民代表大會”，決定同中央分裂，把爭取“西藏獨立”的活動搞到底。叛亂分子還成立了武裝總部。3月13日，西藏上層反動集團以“西藏獨立國人民代表大會”名義向各宗、溪下達命令，凡18歲以上至60歲的男性，必須自帶武器趕來拉薩，以獲取西藏“獨立”的勝利。3月16日，叛亂分子以同樣名義通過印度駐拉薩總領事館向住在印度噶倫堡的夏格巴?旺秋德丹發去密電，稱“西藏獨立國”已經成立，請予公布。3月20日凌晨，叛亂分子向駐拉薩的部隊、機關和企事業單位發動猛烈進攻。在此之前，西藏軍區政委譚冠三給達賴寫了三封信進行勸導和教育，達賴也回了三封信佯裝“處理”，拖延敷衍。3月17日夜間，達賴喇嘛簽署了一份給叛亂武裝組織的“執照”，聲稱“西藏過去是獨立國家”，鼓動叛匪頑抗。然后和噶倫索康、柳霞、夏蘇以及副官長帕拉、副經師赤江等叛亂頭目從羅布林卡渡過拉薩河，前往叛亂武裝的“根據地”山南。在山南隆子宗，首席噶倫索康代表達賴喇嘛宣布，在藏歷二月一日（即3月10日）那天，宣布“西藏獨立”。6月20日，到達印度的達賴喇嘛公開出面舉行記者招待會，明確表示“要恢復在1950年中國入侵以前西藏所享有的自主和獨立地位”，實質就是公然宣布“西藏獨立”。

時在武昌的毛澤東，在得到西藏上層反動集團叛亂的消息后，對事態的發展作出了正確估計。他認為，照此形勢發展下去，西藏問題有被迫（這種“被迫”是很好的）早日解決的可能。毛澤東的這個估計于3月12日由中共中央轉發給西藏工委。鑒于西藏上層反動集團發動全面武裝叛亂，已完全走上叛國的道路，中共中央和中央軍委作出了平叛決定。3月20日上午10時，人民解放軍駐藏部隊對叛亂武裝發起反擊。在西藏各族、各界人民的大力支持下，僅用兩天時間，人民解放軍就徹底粉碎了拉薩市區的叛亂，斃、傷、俘叛亂武裝共5300人，繳獲大批武器彈藥。拉薩平叛的勝利，打亂了西藏上層反動集團的部署，使西藏全面叛亂失去了指揮中心。隨后，人民解放軍由拉薩揮師南下，經10多天的戰斗，攻占了雅魯藏布江以南、江孜以東、喜馬拉雅山以北、則拉宗以西的30多個宗（溪）和村莊，完全控制了叛亂分子長期盤踞的山南地區和喜馬拉雅山北部地區所有邊境要點。4月中旬，人民解放軍平叛部隊在昌都地區先后組織了對昌都東北及東南兩個地區的平叛作戰。從7月初起，人民解放軍還對聚集在藏北納木湖和麥地卡地區的叛亂武裝發起進剿。經過這些作戰行動，至1959年底，60％的叛亂武裝被解放軍殲滅。殘余的叛亂分子逃到深山地區，被分割在四個地塊內。在西藏人民的支持下，人民解放軍平叛部隊終于在1961年底全部肅清了西藏境內的殘余叛亂武裝，取得了西藏平叛的勝利。

西藏上層反動集團發動的叛亂，絕不是他們所聲稱的“起義”，而是背叛人民，破壞祖國統一，反對民主改革，企圖永遠維持政教合一的封建農奴制度的反動行為。他們這樣做，不僅違背了廣大西藏人民的根本利益，也遭到西藏上層進步愛國人士的唾棄。無論是從維護國家統一的原則出發，還是為保護廣大藏族人民的根本利益，人民解放軍的平叛斗爭都是正義的，因而得到了西藏人民的熱烈擁護。平息西藏上層反動集團發動的叛亂，是黨和人民軍隊為維護國家統一和人民利益而進行的重大斗爭。黨中央和中央政府在叛亂發生后，對達賴喇嘛始終采取爭取和耐心等待的態度，對他留有余地，做到了仁至義盡。在周恩來總理1959年3月28日發布的關于解散西藏地方政府、由西藏自治區籌備委員會行使西藏地方政府職權的命令中，仍然宣布達賴喇嘛是被叛亂分子所劫持。在長達兩周的外逃途中，達賴一行既未受到人民解放軍的追趕，也未受到人民解放軍的阻截。直到1964年12月前，全國人大常委會仍保留了達賴的副委員長職務。但達賴卻堅持反動立場，逃亡國外后，公然成立“西藏流亡政府”，公開宣布“西藏獨立”，重新組建叛亂武裝，在中國邊境進行多年的軍事襲擾，在國際上長期從事反華分裂活動，在西藏和其他藏區策動多起騷亂事件，在分裂祖國、復辟舊制、破壞民族團結的道路上越走越遠。

（中共中央黨史研究室著：《中國共產黨歷史》第二卷（1949-1978）上，中共黨史出版社2011年1月版）