九一三事件后的一段時間里，與林彪反革命集團既相互勾結又相互爭斗的江青等人，一度處于十分被動的地位。在批判極左思潮之初，他們雖曾有所收斂，但也越來越清楚這種批判對于他們、對于“文化大革命”所具有的否定性意義。1972年下半年，隨著批判極左思潮斗爭的深入，他們開始全力進行反撲。

周培源主張加強基礎科學理論研究和教學的文章發表后，張春橋、姚文元等人公然宣稱：不管周培源來頭多大，都要追查、反擊。在張春橋、姚文元的指使下，《文匯報》連續發表文章，對周培源進行圍攻，實際上把矛頭指向周恩來。《人民日報》發表的幾篇批判無政府主義的文章，更是戳到江青等人的痛處。他們認定，“當前要警惕的是右傾思想抬頭”，決意下大力量“剎住這個１９７２年下半年出現的修正主義回潮”。１０月至１１月間，張春橋在上海市委常委會上說，當前有一股“右傾翻案風”，有一種否定文化大革命的思潮，“不管四面八方刮來什么風，上海都要頂住”。這樣，圍繞批極左與反對批極左的問題，以周恩來為代表的廣大干部、群眾與江青集團之間的斗爭，不可避免地尖銳化了。

１１月３０日，周恩來對中央對外聯絡部、外交部一份要求徹底批判極左思潮和無政府主義的報告作出“擬同意”的批示。第二天，張春橋批示將報告送“總理再閱”，并批道：“當前的主要問題是否仍然是極左思潮？批林是否就是批極左和無政府主義？我正在考慮。”１２月２日，江青在批語中進一步提出，應批林彪賣國賊的“極右”，“同時也應著重講一下無產階級文化大革命的勝利”，反對因批極左思潮可能產生的對“文化大革命”的任何懷疑。

毛澤東雖然從林彪事件中吸取了某些教訓，提出和支持過批極左，但他并沒有認識到“文化大革命”全局性的錯誤。批判極左思潮的深入，越來越多地觸及“文化大革命”本身，這就超出了毛澤東所能允許的限度和范圍。

１９７２年１２月１７日，毛澤東在同中央政治局成員的談話中，針對一封主張貫徹周恩來要求批透極左思潮的精神、反映張春橋和姚文元反對批極左的來信說：“極左思潮少批一點吧。”“那封信我看不對。是極左？是極右。修正主義，分裂，陰謀詭計，叛黨叛國。”這次談話后，批判極左思潮的正確方向發生逆轉，“批林整風”運動的重點隨之改變。

１９７３年“兩報一刊”的元旦社論，只字不提批判極左思潮。3月，姚文元主持的《紅旗》雜志在第三期則更進一步說：“如果只看到表面現象（即林彪的極左），那就不但打不中要害，分不清是非界線，而且會偏離斗爭大方向。”這種明顯的變化立即引起人們普遍的疑慮和不安。一些企業不敢再提勞動競賽，一些學校不敢再提“以學為主”，一些農村地區也不敢再強調“農業六十條”、按勞分配、自留地等。一些地區和部門的領導趕緊把運動的方向轉向“反右傾”。

“批林整風”運動的方向雖然發生了變化，但是，批判極左思潮的斗爭，由于它所取得的成就以及越來越多的干部和群眾的支持，仍然在一段時間里得以持續。周恩來等人也在可能的條件下，繼續堅持著這場艱難的斗爭。

１９７３年２月，周恩來在聽取國家計委匯報時，歷數無政府主義在企業中的種種表現，指出：“林彪一伙破壞經濟所造成的惡果這兩年表現出來了”，國民經濟“現在根本沒有比例”，計劃工作也“確實沒有‘王法’”，對極左思潮“一定要批透，把破壞性后果消除掉”。他同時強調，要把“整頓的方針”寫清楚，要實行按勞分配和必要的獎勵制度。根據周恩來的指示，國家計委起草的提交１９７３年初全國計劃會議討論的《關于堅持統一計劃，加強經濟管理的規定》，仍然堅持１９７２年全國計劃會議紀要中糾正極左思潮的基本觀點并有所發展。《規定》得到除上海市外２８個省、市、自治區代表的贊成。張春橋對此非常惱火，宣稱這是“拿多數壓我們，我堅決反對，我們是光榮的孤立”，并強令把《規定》收回。

１９７３年３月４日，周恩來召集外事部門一些負責人談話，批評不少單位仍然存在的排斥外國專家的錯誤傾向，指出應“向外國專家公開承擔責任，以挽回影響。不要怕這樣做又要犯右的錯誤”。３月８日，周恩來在邀請外國專家及其家屬參加的慶祝國際勞動婦女節招待會上，嚴厲批判了林彪、陳伯達、王力等在“文化大革命”中對外交工作的干擾和破壞，對遭到錯誤批判和被迫離開中國的外國專家表示歉意。他表示：這個責任我們要負，作為政府的負責人，我負更多的責任。他還代表黨和政府宣布：歡迎已經回國的專家重返中國工作，以彌補當時未照顧好他們的過失。周恩來的講話使在場的外國專家及其家屬深為感動。

在解放干部和平反冤假錯案方面，周恩來仍繼續進行不懈的努力，并且得到毛澤東的支持。１９７２年１２月１８日，周恩來根據毛澤東12月17日談話中所談“譚震林要出來”的意見提出，譚震林是好同志，應該讓他回來。同日，他還向毛澤東提議讓王稼祥做外事調研工作，得到毛澤東的同意。他還提出對已經解放的老干部，應讓他們參加領導班子，以發揮他們應有的作用。１９７３年３月９日，他致信毛澤東，提出恢復鄧小平國務院副總理職務的問題，又得到毛澤東的同意。３月１０日，黨中央發出文件，決定恢復鄧小平黨的組織生活和國務院副總理職務。同日，周恩來致信毛澤東，建議抓緊解放干部和平反冤假錯案工作，并具體提出了一個先易后難的方案，送中央政治局討論。毛澤東表示：“我并不知道這么多老同志受罪，我的目的是想燒一燒官僚主義，但不要燒煳了。”毛澤東指示由周恩來去落實干部政策。在中央組織部提出一個300多人的名單后，周恩來主持政治局會議逐一研究、通過。１９７３年黨的十大前后，他又先后指示解除對一批省部級干部的監護，并多次安排董必武、朱德、陳云、鄧小平、李富春、徐向前、聶榮臻等一批老同志在公開場合露面。以鄧小平為代表的一大批老干部復出任職，對于在中央領導層抑制江青集團的胡作非為，為后來的歷史轉折準備條件，具有重要意義。