上海解放前夕，中共中央、中央軍委依據勝利發展的全國戰局，決心加速戰爭進程，爭取于1949年內基本解放全國大陸地區。5月23日，中央軍委發出指示，決定：以第一野戰軍向西北進軍，負責殲滅馬步芳、馬鴻逵等部及胡宗南集團一部，爭取年內解放陜、甘、寧、青、新五省，其中一部準備入川；以第二野戰軍主力集結于皖南、贛東、浙西地區，待帝國主義武裝干涉的可能性減少后，向西南進軍，在第一野戰軍一部的配合下，殲滅由秦嶺退入四川的胡宗南集團主力及西南地區的國民黨軍隊，解放川、黔、康三省（后又加上云南共四省）；以第三野戰軍向福建及浙南、浙東進軍，并準備解放臺灣；以第四野戰軍及第二野戰軍第四兵團向贛南及湘、粵、桂進軍，殲滅白崇禧集團和余漢謀部，爾后第四兵團進軍云南。中央軍委又依據中南、西南地區的敵情和地形，指示第四、第二野戰軍均采取大迂回、大包圍方針，以有力兵團從一翼或兩翼直插敵之戰略縱深，乃至與緬甸、越南等國接壤的國境線上，先完成包圍，然后再往回打，避免國民黨殘余部隊逃往國外，遺留后患。

　　堅持在南方各省的人民游擊武裝，經過艱苦卓絕的斗爭，到1949年1月，已發展到5萬余人，活動地區遍及蘇、皖、浙、閩、贛、湘、粵、桂、黔、滇等省的200多個縣。在人民解放軍渡江作戰前夕，除瓊崖縱隊早已建立外，這些游擊武裝遵照中央軍委命令，先后組成帶有某種正規兵團性質的人民解放軍游擊縱隊，即閩粵贛邊縱隊、粵贛湘邊縱隊、桂滇黔邊縱隊（后改為滇桂黔邊縱隊）、閩浙贛邊縱隊以及后來正式組建的粵桂邊縱隊、粵桂湘邊縱隊、粵中縱隊、浙東縱隊等，在國民黨統治區積極開展武裝斗爭。這些游擊武裝在人民解放軍渡江南進時，成為配合解放軍主力作戰的重要力量。

　　按照中共中央軍委的部署，5月，第三野戰軍一部在浙東和浙南游擊隊策應下，繼續分路向浙江東部和南部進軍，到7月上旬，解放除舟山群島外的浙江全省。其另一部經過短期休整后在閩浙贛邊縱隊策應下，于7月冒著酷暑向福建進軍，8月17日解放福州，并積極準備向閩南挺進。

　　7月，第一野戰軍在得到華北軍區第十八、第十九兵團約20萬人的加強后，開始解放西北各省的作戰。7月14日至16日，首先在扶風、眉縣地區殲滅胡宗南部四個軍，并于8月26日解放蘭州，9月5日解放西寧，9月23日解放銀川，全殲馬步芳、馬鴻逵集團。國民黨西北軍政長官公署副長官馬鴻賓率一個軍起義。解放軍進軍西北的節節勝利，使孤懸西北邊陲的國民黨新疆軍政當局開始動搖。同時，新疆伊犁、塔城、阿勒泰三區的革命政府和民族軍也建立了以伊犁為中心的革命根據地。為實現新疆的和平解放，中共中央開展了對國民黨新疆警備總司令陶峙岳和省政府主席包爾漢的團結爭取工作。9月25日、26日，陶峙岳、包爾漢先后通電起義，新疆宣告和平解放。至此，西北五省全部獲得解放。前已接受以和平方式解決綏遠問題的國民黨綏遠省政府主席董其武，也于9月19日通電起義，綏遠和平解放。

　　7月，第四野戰軍和暫歸四野指揮的第二野戰軍第四兵團在華南各游擊縱隊配合下，發起解放中南各省、消滅白崇禧集團的作戰。7月初至8月上旬，進行宜（昌）沙（市）戰役和湘贛戰役，解放了鄂西、湘北及贛西北地區，迫使白崇禧部迅速南撤。8月4日，國民黨湖南省政府主席兼長沙綏靖公署主任程潛、第一兵團司令官陳明仁宣布起義，長沙宣告和平解放。接著，第四野戰軍轉入短期休整，準備向湘南、兩廣進軍。

　　9月，第二野戰軍經武漢、常德向鄂西、湘西集結，準備發起解放大西南戰役，進軍川、黔，會同進到陜南的第十八兵團解放西南和殲滅胡宗南集團。

　　在此期間，已宣布“引退”的蔣介石，與“代總統”李宗仁之間的權力斗爭一直在繼續。李宗仁由桂林到廣州后，曾與白崇禧、何應欽（時任國民黨政府行政院院長兼國防部部長）計議，擬將剩余的約100余萬國民黨軍隊重新調整部署，集中到粵、桂和西南地區，準備同人民解放軍長期作戰。李宗仁要求蔣介石停止幕后操縱，給他以指揮調度的全權。但是蔣介石不但不愿停止幕后操縱，反而迅速從幕后走到臺前。7月，蔣介石從臺北飛到廣州，以國民黨總裁身份召開國民黨中央常務委員會議，決定成立一個以他為主席、以李宗仁為副主席的中央非常委員會，作為最高權力機關，政府一切措施必須先經非常委員會通過方為有效。這就實際上取消了李宗仁的所有權力。李宗仁和桂系集團對此雖極為憤懣，但也無可奈何。此后不久，李宗仁以赴美就醫的名義，寓居美國。蔣介石即以國民黨中央非常委員會主席和總裁的身份主軍、主政，盤踞臺灣，并企圖控制兩廣和西南地區，繼續掙扎。

　　到1949年9月底，人民解放軍各部解放了除西南滇、黔、川、康、藏及中南的兩廣以外的全國大陸大部分地區。

　　新中國成立后，為迅速肅清殘余的國民黨軍隊，人民解放軍按預定戰略部署，繼續向尚未解放的地區進軍。到1950年6月，全國解放戰爭的大規模作戰行動結束進軍東南的第三野戰軍第十兵團，在入閩作戰后，共殲滅國民黨軍隊8萬余人，解放了除金門、馬祖等島嶼以外的福建全省。進軍西北的第一野戰軍第一兵團，在新疆宣布和平解放后，于1949年10月10日向新疆開進。至次年3月，完成進駐全疆的任務。進軍中南的第四野戰軍，在長沙和平解放后，在第二野戰軍一部的配合下，采取大迂回、大包圍的方針向兩廣進軍，先后殲滅余漢謀部和白崇禧集團，解放廣東大部和廣西全境。在第四野戰軍一部的配合下，第二野戰軍于11月初發起解放大西南戰役，進軍川、黔，解放貴陽和重慶。12月9日，云南、西康兩省和平解放。第二野戰軍和進入川北的第一野戰軍第十八兵團于12月27日解放成都，國民黨軍隊最后一支主力胡宗南集團被殲滅。1950年4月16日，第四野戰軍從雷州半島強渡瓊州海峽，發起海南島戰役。在瓊崖縱隊的接應下，至5月1日解放了海南島。第三野戰軍一部于5月19日解放舟山群島。從1946年6月全面內戰爆發到1950年6月，人民解放軍共殲滅國民黨軍隊807萬人，其中生俘458萬余人，斃傷171萬余人，投誠63萬人，起義和接受改編113萬余人，解放了除西藏、臺灣和少數幾個島嶼以外的全部中國領土。香港、澳門因屬歷史遺留問題，未在進軍中加以占領。在這場戰爭中，人民解放軍指戰員犧牲26萬人，負傷104萬人，還有難以數計的人民群眾為革命戰爭作出了犧牲。