由國民黨右派挑起的事端剛剛解決，廣州又發生了商團武裝叛亂事件。廣州商團原是廣州商會建立的商人自衛組織，后來發展成維護買辦階級利益、鎮壓工人運動的反動武裝，規模達到10個團，約4000余人。廣州商會會長、英國匯豐銀行廣東分行買辦陳廉伯和廣東佛山大地主陳恭受，伙同其他國民黨右派分子，在英帝國主義者支持下，于1924年七八月間積極策劃商團發動反革命武裝叛亂，企圖推翻廣州革命政府。8月初，商團從香港私運大批武器到廣州。廣州革命政府扣留了這批武器，并下令通緝陳廉伯。商團遂煽動商人罷市，向政府施加壓力。中國共產黨力主堅決解散商團，以消除廣州革命政府的心腹之患。孫中山卻指望通過妥協辦法使事件平息，結果反動勢力的氣焰更加囂張。10月10日，廣州市各界舉行紀念武昌起義13周年集會，到會的有30多個團體，五六千人。會后舉行示威游行時，商團竟向群眾開槍射擊，當場死傷百余人。商團還強迫商人罷市，要求孫中山下臺。盤踞東江的陳炯明為配合商團行動，派兵進攻廣州。英國軍艦也開到廣州白鵝潭，為商團助威。

面對嚴峻的形勢，廣州革命政府成立了平定商團叛亂的最高指揮機關--革命委員會，孫中山親任會長，共產黨員譚平山、周恩來、陳延年、楊匏安、阮嘯仙、劉爾崧等參加委員會工作。在中國共產黨和廣大革命群眾支持下，孫中山采取斷然措施，下令鎮壓了商團叛亂，給帝國主義和地主買辦階級勢力以有力打擊，使廣東革命局勢轉危為安。

（中共中央黨史研究室著：《中國共產黨歷史》第一卷上冊，中共黨史出版社2002年版）